Comment faire le lien entre troubles digestifs et microbiote ?

12/10/2021

Près d’un français sur deux souffre de troubles digestifs d’après un sondage réalisé en 2021 par l’Ifop. Une dysbiose du microbiote intestinal favoriserait ces troubles digestifs ainsi que d’autres dysfonctionnements tels que des maladies inflammatoires chroniques voire des troubles psychiques. Le microbiote intestinal voit alors grandir sa notoriété. Se former et s’informer sur le sujet en tant que diététicien.ne nutritionniste devient indispensable. Il est important de comprendre ce qu’est le microbiote, son rôle, ce qui l’influence et comment l’améliorer.

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Quelques notions sur le microbiote intestinal

Que sait-on du microbiote ?

Le microbiote intestinal (également connu sous le nom de flore intestinale) correspond à l’ensemble des micro-organismes présents dans le tube digestif.

Avec 3,3 millions de gènes différents, il représente plus de potentiel génétique que notre propre organisme.

Ces gènes peuvent venir de 1000 espèces de bactéries différentes et sont originaires des 100 000 milliards de bactéries vivant en communauté dans nos intestins.

L’ensemble de ces bactéries, champignons, virus et autres micro-organismes représente 1 à 2 kg de notre poids corporel.

La plupart de ces espèces sont anaérobies et ne sont donc pas cultivables in vitro.

Cela explique notamment le fait que nous n’ayons encore que peu d’études à ce sujet et peu de possibilités de formation en tant que diététicien.ne nutritionniste.

Nous savons également que le microbiote est propre à chacun et qu’une sorte de “socle commun” des espèces est systématiquement retrouvé chez le sujet sain.

A quoi sert le microbiote ?

Le microbiote intestinal a une place prépondérante dans la santé. En effet, ce dernier joue un rôle majeur dans les fonctions de maintenance, immunitaires et métaboliques.

Tout d’abord, le microbiote assure l’entretien et la protection de la muqueuse intestinale en agissant à la manière d’une barrière.

Il est également impliqué dans l’éducation et la régulation du système immunitaire.

Finalement, il agit largement dans les processus d’homéostasie énergétique en influençant notamment la digestion, l’absorption et la synthèse de métabolites.

Certaines bactéries sont notamment capables de produire des Acides Gras à Chaînes Courtes (AGCC).

Cela permet d’optimiser l’extraction d’énergie du chyme. De même, un microbiote sain aura tendance à inhiber l’action de l’enzyme AMPK (Adenosine MonoPhosphate-activated protein kinase).

Cette dernière induit la production de lipopolysaccharides (LPS) et donc la lipogenèse.

En bref, sans ces micro-organismes, nous ne serions pas grand-chose et la symbiose entre nos cellules, nos organes et notre microbiote sert notre bon fonctionnement. La symbiose, l’union solidaire des deux mondes vivants que sont notre organisme et le microbiote, enrichit et sert chacun des systèmes.

Origines, pouvoirs et influences du microbiote intestinal

Les origines du microbiote

Le microbiote se forme dès la naissance, à partir des microbiotes vaginal et intestinal de la mère ou de l’environnement extérieur. Puis, jusqu’aux 3 ans de l’enfant environ, le microbiote de l’individu va se développer progressivement à l’aide de différents facteurs tels que la diversification alimentaire et l’environnement. Une fois l’enfant sevré, l’alimentation solide va permettre au microbiote de se stabiliser. On dira que celui-ci est mature.

Les pouvoirs du microbiote : troubles digestifs et autres

Nous l’avons évoqué précédemment mais rappelons-le : le microbiote a de multiples rôles dans notre organisme. En revanche, si le microbiote intestinal est défaillant, on parle alors de dysbiose.

Cette dernière est le contraire de l’eubiose. Elle correspond au déséquilibre de l’écosystème, de la communauté bactérienne. On observe une dysbiose lorsque la composition du microbiote change, que des bactéries bénéfiques sont perdues ou qu’il y a une prolifération de bactéries envahissantes.

Ces perturbations peuvent être associées à différents troubles tels que l’obésité, la dépression, les Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin (MICI), et autres troubles digestifs.

Le microbiote aurait même une influence sur l’efficacité d’un traitement anticancéreux, sur les allergies alimentaires, les dermatites, l’asthme et même sur l’autisme.

Une étude a notamment été faite en 2017 sur 18 sujets autistes (7-16 ans) avec des symptômes intestinaux liés à leur pathologie. 15 d’entre eux souffraient d’une forme sévère d’autisme. Une transplantation fécale leur a été faite et une réduction de 47 % des symptômes a été observée. En 2019, seuls 3 des 18 enfants étaient toujours définis comme atteints d’autisme sévère et 8 d’entre eux sont désormais classés comme neurotypiques.

La dysbiose induit également la disparition de certains lipides essentiels au cerveau. Ce déséquilibre peut alors laisser émerger un état dépressif chez le patient concerné.

En ce qui concerne l’obésité, on observe chez les sujets atteints, une plus grande quantité de gènes de dégradation ainsi qu’une diminution des bactéries inhibant l’enzyme AMPK.

Le microbiote des patients obèses a une plus grande capacité d’extraction de l’énergie que les patients non-obèses. Cela explique le stockage excessif des graisses.

5 leviers d’influence sur le microbiote

De nombreux facteurs entrent en jeu lors de la formation du microbiote mais aussi tout au long de sa vie et de la nôtre.

En l'occurrence, au moment de son développement, la génétique, la voie d’accouchement, l’environnement, le moment de la diversification alimentaire et le niveau d’hygiène influencent le microbiote.

Il est aussi possible que celui-ci soit modifié après sa maturation. Cela peut notamment être dû à un stress chronique, aux hormones sexuelles, à certains traitements médicamenteux (les antibiotiques et antiacides notamment), aux additifs alimentaires ou encore à la modification de son mode de vie.

L’ensemble de ces paramètres peut être des facteurs de risque pouvant mener à une dysbiose. Laissez-nous vous donner quelques clés et explications pour protéger et parfaire le microbiote intestinal de chacun en tant que diététicien.ne nutritionniste.

Voici une infographie reprenant les informations évoquées dans cette partie :

LE MICROBIOTE – Microbiome Foundation (microbiome-foundation.org)

Vous l’aurez compris, des troubles digestifs jusqu’aux troubles de l’humeur en passant par des maladies métaboliques, le microbiote a son rôle à jouer. Afin de pallier ces différents désagréments, il est important de comprendre ce qui influence notre précieux monde intestinal.

Prendre soin de chaque microbiote

En tant que professionnel de santé et notamment de l’alimentation, il est primordial d’être formé et informé sur le microbiote pour lequel les études se multiplient ces dernières années.

Les bactéries clefs du microbiote

Dans un premier temps, voici quelques bactéries pour lesquelles les actions sont relativement bien définies au sein du microbiote intestinal :

Faecalibacterium prausnitzii est une bactérie anti-inflammatoire. Chez les patients souffrant de MICI, on remarque fréquemment une diminution de ce micro-organisme.
Enterococcus hirae et Barnesiella intestinihominis sont réputées pour booster le système immunitaire. Chez les patients bénéficiant d’une chimiothérapie par Cyclophéramide, l’efficacité du traitement est favorisée par la présence de ces bactéries.
Les Bacteroides et les Anaerobacters semblent impliqués dans les allergies alimentaires. Une corrélation est observée entre les individus souffrant d’allergies alimentaires et ceux ayant un déficit de Bacteroides et un surplus d’Anaerobacters.
Dans le cas de patients sujets aux dermatites, il s’agirait d’une déficience en Bacteroides et Bifidobacterium associée à un surplus d’Enterobactiaceae.
En ce qui concerne les patients asthmatiques, cela pourrait s’expliquer par une diminution des populations de Bifidobacterium, de Faecalibaterium et d’Akkermensia.
Chez les patients ayant reçu une greffe de cellules hématopoïétiques, la baisse de bactéries habituellement présentes en grande quantité (Bacteroides, Faecalibacterium, Bifidobacterium) et l’augmentation de celles habituellement peu présentes (Eschericha) est souvent observée chez les sujets faisant une rechute. Au contraire, lorsque l’équilibre habituel de ces bactéries est respecté, le taux de rémission est bien plus important.

Comment favoriser le bon développement du microbiote ?

Pour lutter contre ces déséquilibres de la communauté bactérienne, l’hygiène de vie a une place importante. On cherchera à adopter une alimentation variée, riche en fibres et produits naturels, contenant des probiotiques et des prébiotiques et pauvre en produits ultra-transformés.

Les micro-organismes des intestins vont se nourrir des fibres présentes dans les aliments. Consommer des fruits, des légumes et des aliments complets répond parfaitement à ce besoin.

De plus, les fruits et légumes contiennent des polyphénols. Les propriétés de cette catégorie d’aliments permet,entre autres, de développer les populations de lactobacilles et de bifidobactéries.

Les probiotiques, quant à eux, sont des micro-organismes bénéfiques pour la santé et capables d’affecter le fonctionnement du système digestif.

Ces entités peuvent se trouver dans certains aliments fermentés tels que la choucroute, le kéfir, le yaourt ou même le miso.

Les probiotiques peuvent également s’acheter dans des laboratoires spécialisés.

Chaque probiotique apporte des bénéfices différents et il est intéressant de connaître les besoins de notre microbiote intestinal avant de faire cet achat.

En ce qui concerne les prébiotiques, ces derniers fournissent des substrats nécessaires à la croissance des micro-organismes. Il s’agit là notamment de fibres fermentescibles.

L’amidon résistant est un type de fibre alimentaire jouant le rôle de prébiotique (toutes les fibres ne sont pas des prébiotiques). Ce dernier est métabolisé par le microbiote intestinal et se trouve notamment dans les bananes non-mûres, les pâtes, les légumineuses, les pommes de terre et les féculents cuits puis refroidis.

Enfin, il est primordial de limiter les additifs qui modifient la composition et la localisation du microbiote intestinal. Cela induit une inflammation chronique et favoriserait la survenue du syndrôme métabolique et de MICI.

Pour déterminer les probiotiques et les prébiotiques à privilégier, analyser son microbiote semble primordial. Pour ce faire, deux grandes méthodes existent : la métagénomique shotgun et le séquençage de l’ARN 16S. Certains organismes comme Nahibu proposent une analyse de selles afin de connaître la composition de son microbiote intestinal.

Une fois l’analyse de selles faite, par la méthode métagénomique shotgun, Nahibu propose une application : Shido, afin de cibler les aliments à favoriser et ceux à limiter en fonction des résultats obtenus pour améliorer ses résultats.

Pour poursuivre l’étude de ce sujet passionnant et indispensable, vous pouvez aller plus loin en suivant la formation SmartDiet “Motif de consultation : Troubles digestifs” dont Nahibu est partenaire. Ce dernier vous permet de bénéficier d’une remise promotionnelle pour proposer cette solution d’analyse du microbiote à vos patients.